Nach dem Stich einer infizierten Zecke beträgt die FSME-Inkubationszeit beim Menschen i.d.R. zwischen vier und 28 Tagen. Die Inkubationszeit von FSME darf deshalb nicht mit der FSME-Übertragungszeit verwechselt werden: Da sich die FSME-Viren im Speichel der Zecke befinden, beginnt direkt mit dem Stich deren Übertragung.  

Zum Ende der Inkubationszeit können erste Symptome auftreten und der FSME-Krankheitsverlauf setzt ein.

Typischerweise verläuft eine FSME-Erkrankung in 2 Phasen. Es ist aber auch ein Verlauf der FSME mit nur der ersten der beiden Phasen möglich. Die Behandlung erfolgt in jedem Fall rein symptomatisch, die Krankheit lässt sich medikamentös nicht heilen. Die FSME-Impfung ist rein präventiv. Sie bietet keinen Schutz nach der FSME-Virus-Übertragung durch Zecken.

In der ersten Phase der Erkrankung sind die typischen FSME-Symptome nach dem Stich einer Zecke Fieber sowie Kopf- und Gliederschmerzen. Sie ähneln als unspezifische Symptome einer (Sommer-)grippe. Die Prognose bei FSME ist sehr gut, wenn es bei dieser ersten Phase der Erkrankung bleibt. In den meisten Fällen heilt die Erkrankung nach der ersten Phase folgenlos aus, oder der FSME-Verlauf ist sogar komplett asymptomatisch, ohne dass die Phase 1 der Erkrankung auftritt.

Tritt die zweite Phase ein, steigt das Risiko für einen schwerwiegenden FSME-Krankheitsverlauf dramatisch. Bei etwa der Hälfte der 2021 gemeldeten FSME-Fälle kam es zu einer zweiten Phase mit neurologischen Symptomen. Bei einem neurologischen FSME-Verlauf kommt es in ca. 50% der Fälle zu einer Meningitis, in ca. 40% zu einer Enzephalitis und in ca. 10% der Fälle zusätzlich zu einer Rückenmarksbeteiligung (Myelitis). 

Eine Meningitis ist meist die mildere Form der zweiten Phase des Erkrankungs-Verlaufs. Dennoch geht sie häufig mit hohem Fieber, starken Kopfschmerzen und Nackensteife einher. 

Die Enzephalitis sowie die Myelitis sind Manifestationen eines noch schwereren FSME-Verlaufs, bei denen über die Hirnhäute hinaus das ganze Gehirn und das Rückenmark von der Krankheit betroffen sind. Zusätzlich zu den Symptomen der Meningitis kann es hier beispielsweise zu Bewusstseins-, Sprach- und Schluckstörungen sowie psychischen Veränderungen und Lähmungen am Körper kommen. 

Insgesamt geht es den Menschen, bei denen die FSME-Erkrankung in die zweite Phase übergeht, im Allgemeinen sehr schlecht und die Symptome können noch monatelang nach der Erkrankung persistieren. 

Gleichzeitig heilt die Erkrankung bei 60% der Patient:innen folgenlos aus, während 40% der Betroffenen langanhaltende Funktionsstörungen oder irreversible gesundheitliche Schäden davontragen.⁴ 

Eine grundsätzliche Expositionsvermeidung gegenüber Zecken ist oftmals nur schwer realisierbar und bietet daher keinen zuverlässigen Schutz vor FSME. Daher empfiehlt die STIKO die Impfung für Menschen, die in FSME-Risikogebieten leben oder dorthin reisen bzw. Ausflüge machen und zeckenexponiert sind. 

Eine abgeschlossene Impfserie gegen FSME kann vor einer Infektion und damit auch vor den Risiken einer Erkrankung sowie den damit verbundenen gesundheitlichen Folgeschäden schützen.